Cultivatie en moleculaire detectie van extremofiele Archaea

Om de veiligheid van geologische berging van kernafval te kunnen garanderen, is er voldoende onderzoek nodig naar de eigenschappen van de kandidaat geologische lagen. Op microbiologisch vlak is het noodzakelijk om de microbiële gemeenschap in en rond een toekomstige bergingsinstallatie te identificeren, en hun effect en respons op de opslag van kernafval te voorspellen. Extremofiele micro-organismen vormen op dit vlak in een interessante doelgroep en waren daarom het onderwerp van deze thesis. Het doel van dit project was om vijf representatieve Archaea species te cultiveren en met deze soorten als referentie een domeinspecifieke moleculaire detectiemethode te ontwikkelen. Primers werden ontwikkeld met behulp van de primer-BLAST tool van het NCBI. Na initiële negatieve en vals positieve PCR resultaten, werd uiteindelijk voor twee model Archaea een PCR-product van de juiste lengte verkregen, en gaf het bacteriële DNA geen resultaat, zoals gewenst. Hoewel de ontwikkelde PCR-methode voor domeinspecifieke detectie van Archaea lijkt te werken, is het zeker aan te raden dat dit resultaat verder getoetst wordt bij meerdere Archaeasoorten. Tenslotte is ook een verdere optimalisatie van de methode aan te raden om met zekerheid vals positieve resultaten van bacterieel DNA uit te sluiten.