Diepgaande kwalitatieve en kwantitatieve vergelijking van twee verschillende DNA-extractie methodes gebruikt in de geo-microbiologie

SCK CEN is het Belgisch nucleair research centrum. SCK CEN is een wereldleider op het vlak van onderzoek, dienstverlening en opleiding in de nucleaire sector. Een belangrijk onderzoeksdomein is het onderzoek naar het veilig bergen van radio-actief afval in de diepe ondergrond. Veilig bergen houdt ook in dat er bepaald moet worden of de micro-organismen in de bodem de opslagplaats niet gaan beschadigen. De bodem waarin het nucleair afval mogelijks zal worden opgeslagen kan een DNA-extractie ernstig bemoeilijken. In de bodem zijn namelijk storende stoffen aanwezig zoals humusche zuren die binden met het DNA. Deze zuren kunnen een PCR bemoeilijken, net zoals het sequencen van het DNA van de bacteriën, waardoor determinatie wordt verhinderd. Daarom moeten we beschikken over een DNA-extractiemethode die in staat is om een voldoende hoeveelheid en kwalitatief zuiver DNA uit de bodemstalen te halen. In deze bachelorproef worden 2 methoden vergeleken, namelijk de PEX-methode en de Limnospira-methode. Voor deze vergelijking worden de twee methoden toegepast op verschillende bodemstalen waaraan 4 soorten referentiemicroben worden toegevoegd: Cupriavidus metallidurans (CH34), Limnospira indica, Spirulina tabletten en een “Spike-in” control high microbial load. De PEX-methode is een chemische extractiemethode, waarbij gebruik wordt gemaakt van een chemische lysisbuffer. De Limnospira-methode is een fysische en enzymatische methode om DNA te extraheren. Deze methodes zullen vergeleken worden zodat kan bepaald worden welke methoden de hoogste concentratie en het zuiverste DNA zal opleveren. Uit de resultaten is te halen dat de Limnospira-methode vooral DNA extraheerd uit de Limnospira indica-stalen en de Spirulina tabletten. Deze methode werkt minder goed op de CH34-stalen. De PEX-methode werkt goed op alle bacteriën, al geven sommige kleisoorten wel lagere concentraties. De PEX-methode geeft ook de zuiverste stalen, al zijn de stalen met een lage concentratie DNA nog niet zeer zuiver.