Diversité microbienne dans les milieux karstiques

L’étude de la diversité et du rôle des micro-organismes dans les milieux karstiques est récente. Plusieurs scientifiques pensent qu’ils interviennent dans la dissolution des roches, même en grande profondeur. La biologie moléculaire permet, depuis l’apparition de la PCR de détecter et d’identifier les micro-organismes sans passer par une étape de culture. Avant de pouvoir amplifier l’ADN, il faut l’extraire. Pour cela, différents protocoles d’extraction d’ADN génomique sont mis à notre disposition. Les objectifs de ce travail étaient de comparer deux méthodes d’extraction de l’ADN génomique et d’étudier la diversité des micro-organismes dans les milieux karstiques. La diversité des eubactéries a été étudiée dans les échantillons d’argile de la grotte de Fontaine de Rîvire, de la calcarénite et du lait de lune grâce à une méthode d’amplification par PCR de l'ADNg extrait avec le kit MoBIO, suivie d’une DGGE. La DGGE a révélé un pattern de bandes semblable entre les différents échantillons de lait de lune. Pour les échantillons de calcarénite, le pattern de bandes du gel DGGE montre des différences entre les échantillons. Le séquençage des échantillons de Fontaine de Rivîre a montré la présence d’organismes affiliés à la division des Firmicutes et Acidobacteria ainsi qu’à la classe des Betaproteobacteria.