Résolution du puzzle du génome d'Arthrospira sp. PCC 8005 dans le cadre du projet MELiSSA

La cyanobactérie Arthrospira sp. PCC 8005 été choisie comme producteur principal d'oxygène et comme source de nourriture complémentaire dans le système de support de vie régénératif MELiSSA. La connaissance du génome d'Arthrospira sp. PCC 8005 est d’une importance capitale pour développer les outils moléculaires nécessaires à l'étude approfondie de cet organisme (étude des propriétés nutritives, toxicité éventuelle, etc.). Cependant, à ce jour, cette cyanobactérie n'a pu être totalement séquencée à cause de la complexité de son génome. Dans ce contexte, ce stage de fin d'études a eu pour but l'identification des fragments inconnus du génome d'Arthrospira sp. PCC 8005 à l'aide de technique PCR (polymerase chain reaction). Différentes techniques de biologie moléculaire ont été exécutées dans l'optique de refermer ce génome. Tout d'abord, une optimisation des conditions expérimentales pour la Long PCR a été réalisée pour obtenir la meilleure amplification. Une fois la mise en place de ces paramètres, des expériences d'amplification ont été réalisées pour identifier les séquences manquantes ou "gaps" présents entre des scaffolds et, par fois, des contigs. Parallèlement, une autre technique PCR a été testée, la touchdown PCR, pour augmenter la spécificité de l'amplification. Enfin, le séquençage d'un des amplicons obtenus a été entrepris.