Studie van de effecten van straling en oxidatieve stress op de bacterie Cupriavidus metallidurans CH34

Er worden drie verschillende experimenten opgesteld om een verschil in resistentie aan waterstofperoxide tussen verschillende stammen en mutanten van C. metallidurans CH34 en E. coli MG1655 aan te tonen. Hierbij wordt er veel aandacht besteed aan de aan –of afwezigheid van het mmtQ en het mmsQ gen die vermoedelijk een belangrijke rol spelen bij de waterstofperoxide degradatie. Eerst worden de overlevingspercentages van de native CH34, de mutanten zonder mmtQ gen en een derivaat van CH34 die niet meer autotroof is (AE10) berekend na blootstelling aan verschillende concentraties waterstofperoxide. In een tweede experiment wordt de aandacht gevestigd op het verschil in waterstofperoxide degradatie tussen verschillende stammen en mutanten van CH34 en MG1655. De stammen worden blootgesteld aan een concentratie van 50 mM waterstofperoxide. De degradatie wordt opgevolgd door de absorbantie bij 240 nm te meten. Tenslotte wordt het verschil in genexpressie bestudeerd tussen culturen van CH34 die blootgesteld werden aan 50 mM waterstofperoxide en een controle groep die niet werd blootgesteld. Hiervoor wordt eerst een RNA extractie uitgevoerd waarna de kwaliteit van het verkregen RNA gecontroleerd wordt. Indien de kwaliteit voldoende is, wordt het RNA omgezet in cDNA om vervolgens gebruikt te worden voor een micro-array.